Η Σχολή Ανθρωπιστικών-Κοινωνικών Επιστημών του Aegean College προσφέρει ένα διετές μεταπτυχιακό πρόγραμμα ειδικής αγωγής που οδηγεί στον τίτλο MSc Early Childhood Education with Special Needs (Μεταπτυχιακό στην Προσχολική Ειδική Αγωγή και Εκπαίδευση) το οποίο εμβαθύνει σε πρακτικά και θεωρητικά γνωστικά αντικείμενα.

Το μεταπτυχιακό στην Ειδική Αγωγή προσφέρεται σε συνεργασία με το University of Essex.